El Deartamento de Fideicomisos y Fondos alternos se encarga de registrar y controlar los recursos financieros que otorgan instituciones para el desarrollo de proyectos de investigación y de experimentación, así como los ingresos de donativos provenientes de otras dependencias o entidades del sector público, privado o social al igual que los ingresos que se obtengan por los servicios, bienes y productos de investigación y desarrollo tecnológico y la capacitación para la formación de recursos humanos calificados.

Funciones
 

• Registrar y controlar los recursos financieros que otorgan las instituciones para el desarrollo de proyectos de investigación, así como los ingresos de donativos provenientes de dependencias y entidades del sector público, privado o social.
   
• Registrar y controlar los recursos autogenerados que se obtengan por la prestación de servicios de carácter profesional, técnicos y educativos, enajenación y arrendamiento de bienes, licenciamiento de tecnología y uso de patentes, regulados por la Ley Para el Fomento de la Investigación Científica y Tecnológica.
   
• Llevar a cabo las acciones necesarias para mantener actualizado al Cinvestav en el Registro Nacional de Instituciones y Empresas Científicas y Tecnológicas a cargo del CONACyT.
   
• Participar en los Comités Técnicos y de Administración de los fideicomisos que se establezcan, para la utilización de fondos Conacyt, regulados por la Ley para el Fomento de la Investigación Científica y Tecnológica.
   
• Participar en los Comités Técnicos y de Administración de los fideicomisos que se establezcan, para la utilización de Fondos de Investigación Científica y Desarrollo Tecnológico, regulados por la Ley Para el Fomento de la Investigación Científica y Tecnológica.
   
• Establecer y operar las acciones necesarias que permitan controlar el otorgamiento de autorizaciones de utilización de los recursos que soliciten los departamentos con cargo a proyectos específicos o de donativos.
   
• Establecer y operar las acciones necesarias que permitan controlar el otorgamiento de autorizaciones para la utilización de los recursos que deriven de acuerdos tomados en las sesiones de los Comités Técnicos y de Administración de los fideicomisos aperturados.
   
• Integrar los informes que periódicamente el Centro debe presentar a las instituciones otorgantes de los recursos con las que se suscriban convenios y se reciban donativos, sobre su aplicación.
   
• Controlar las cuentas bancarias que se lleven por proyectos de investigación o donativos, nacionales o extrajeras.
   
• Realizar las demás actividades que le sean encomendadas por la Subdirección de Recursos Financieros, afines a las funciones y responsabilidades inherentes al cargo.
   
• Coordinar, orientar y apoyar las actividades del personal adscrito al área de su competencia.